Para la conciliación de facturas en estado En Proceso de Pago, se tiene que dar las siguientes condiciones:

• En el Diario del Banco que procesemos la remesa o manualmente realicemos el pago, tendremos que tener la opción Validar en la conciliación bancaria activada, se accede con el modo desarrollador, en el diario en opciones avanzadas

• Creamos la factura, y registramos pago manualmente o creamos la remesa y procesamos el fichero, con la opción fichero subido correctamente, esto cambiará el estado a En Proceso de Pago

• Ahora vamos al extracto y buscamos un movimiento que estará en azul, con el pago anterior, de manera que conciliamos contra este movimiento y la factura aparecerá como Pagada
  

Aquí te dejo un vídeo con todo el proceso:   VIDEO CON EL PROCESO COMPLETO